Per rimuovere da un disco il partizionamento di tipo GPT si può procedere così:

# apt-get install parted

appena installato parted eseguirlo (tipicamente parted /dev/sdx)

al prompt di parted eseguire “mktable” e definire una partizione msdos

# parted /dev/sdb
GNU Parted 2.3
Using /dev/sdb
Welcome to GNU Parted! Type 'help' to view a list of commands.
(parted) mktable                                                          
New disk label type? msdos
(parted) quit
Information: You may need to update /etc/fstab.

la partizione gpt è sparita!

:-)